分期开发房产的土地增值税如何清算？

编者按：土地增值税向来是一个复杂的税种，其复杂性一方面体现在国家层面的规定不够明确，实践中容易产生不同理解，导致发生争议，另一方面体现在部分征管措施授权地方税务机关自行制定细则，而各地处理方法不尽相同，导致横向层面有违税收公平。例如土地增值税清算单位的认定，就是一个争议颇多的问题，不同的认定方法，可能导致土地增值税纳税义务相差数千万之多。本文将以一个真实案例引入，分析如何合理认定分期开发项目的清算单位。

　　一、案例引入：分期项目清算单位不同，土地增值税相差数千万

　　A公司成立于2007年，主要经营业务为：房地产开发、销售。2007年，A公司取得某地块土地使用权，滚动开发X房地产项目。因X项目占地面积较大，A公司自行区分为X一期、X二期、X三期三个项目开发建设。2021年1月，三期项目均已竣工，其中一期、二期实现盈利，三期发生亏损。经A公司评估，如合并清算，在正负增值额互相抵消后，应当缴纳土地增值税2000万元;如分别清算，三期项目增值额为负，土地增值税为零，一期、二期项目应当缴纳土地增值税6000万元。两种清算方法纳税义务相差4000万元。A公司遂向X市税务局提交《申请报告》，申请将一、二、三期项目合并清算。

　　2021年4月，X市税务局Y税务分局向A公司作出《关于A公司申请X项目合并清算土地增值税的答复》，提出税务信息系统显示A公司开发的X项目按一期、二期、三期做了三个项目登记，认为将X项目确认为一期、二期、三期三个清算单位进行土地增值税清算依据充分，A公司申请合并清算无法律依据。2022年5月，X市税务局Y税务分局向A公司作出《税务事项通知书(清算审核结论通知)》，要求A公司对X一期单独清算土地增值税，补缴X一期土地增值税2000万元。

　　A公司不服，向X市税务局提起行政复议，本案争议焦点为：A公司将X项目自行区分为一期、二期、三期三个项目，是否应当分别清算土地增值税?